Menar du att du har ett keyboard som du spelar in midi med och att det då blir dubbla noter?
Jag är inte helt 100 på detta, men jag har för mig att midiimpulsen då ibland studsar ut från datorn igen, in i keyboardet och sen till datorn igen. Förskjutningen i tid mellan de signaler som kommer in till datorn kan var förklaringen att det inte går att ta bort dubbla noter, att de inte räknas som dubbletter. Om du vill köra kvantifierat kan du prova att kvantifiera alla noter först och sen ta bort dubbletter, det borde funka.
Annars kan du prova att slå på filtret för utgående midisignal, under File -> Preferences -> Midi -> Filter. Eller ta ut midi-in-sladden i keyboardet, om du har en sån.