Jag kanske är helt fel ute, men jag tycker det verkar som om du försöker installera Windows på en hårddisk som du har "i användning"? Jag skulle som sagt rekommendera dig att göra den helt ren, nya partitioner, ny formatering och sedan installera Windows, då har du en helt ren installation. Och då menar jag att du ta bort partitionerna och formatera från Windows-CD:n, alltså INTE från en annan hårddisk där du har windows!
Med risk för att bli övertydlig, ha bara den hårddisk du skall installera på i datorn, sätt i Windows-CD:n, välj alternativet att ta bort alla partitioner från hårddisken, gör en ny partition (jag skulle välja att göra en partition för system och andra program på kanske 30 GB för att sedan ha utrymme kvar för ytterligare en partition efter det att jag installerat sytemet) Sedan formatera (från Windows-CD:n) och sedan installera.
Som sagt jag kanske är fel ute och slår in öppna dörrar här, men jag hoppas att jag varit till hjälp...
Som jag skrev tidigare, du får gärna PM:a mig om du vill...
edit: stavning...