Jag skulle nog rekommendera att köra med separat HD för systempartitionen eftersom en partionering bara logiskt delar upp HDn - fördelen med det är att det blir lättare att defragmentera medans med en separat fysisk HD så har du två olika läsarmar som inte stör varandra.
RAID 0 (Stripening) för prestanda, ja det är ju bra men tänk på att om någon kraschar så försvinner all information, någon form av backup är att föredra.
Det enklaste och billigaste sättet att öka prestanda är att addera minne. Förutsatt att man har en applikation som läser upp så mycket av sig självt som möjligt i minnet.