Jo, om man har otur kan det bli IRQ-konflikter mellan PCI-kort och annat i datorn. Här är ett exempel på det: https://www.studio.se/index.php?showtopic=422
Men man ska komma ihåg att även USB eller FW-enheter löper risk att råka ut för sådana problem. Dock kan det oftast lösas relativt enkelt genom att antingen flytta kortet till en annan PCI-plats eller att avaktivera det som kortet delar IRQ med. Det är förresten aldrig fel att avaktivera saker man inte behöver.
Fördelen med USB/FW är väl att man får en breakoutbox på köpet, så att säga. Nackdelen är väl att det är dyrare (?), så om man inte behöver koppla om ofta, vilket ju underlättas av en fristående låda, så kan jag inte riktigt se någon fördel. Jag tror inte att det är någon större skillnad i övrigt på Audiophile-varianterna.