I filosofins historia var Descartes epokgörande. Hans filosofi gav nämligen de första uppslagen till en rad filosofiska system (Geulinx, Malebranche, Spinoza och i viss mån även Leibniz), vilka inom den nyare, förkantianska filosofin avgjort betecknar den högre riktningen, såväl med avseende på den strängare vetenskapliga form de framställts i som genom själva arten och syftet av den i dem framträdande spekulationen. Den kritiska halten av sitt filosoferande röjer Descartes då han, för att grundligt reformera den filosofiska vetenskapen, börjar med att proklamera ett universellt tvivel. Han ställer sig tvivlande till inte bara alla äldre filosofiska auktoriteter, vilka han finner varandra motsägande och föga tillfredsställande, utan även och framför allt mot den sinnliga erfarenheten - detta i rak motsats till John Locke, vars filosofi blev utgångspunkten för den motsatta riktningen, empirin.
Descartes nöjer sig inte med att framhålla att våra sinnen ofta bedrar oss och därför inte kan ge oss full visshet. Hans tvivel avser ytterst själva möjligheten till kunskap över huvud taget utifrån sinnena. Han ifrågasätter all sådan kunskap som ett bedrägligt sken eller, som han uttrycker det: "Frågan är om inte möjligen sinnesintrycken av någon mäktig ande frambringas i människans själ, utan att de motsvaras av några föremål utanför?". Av detta sitt tvivel på den sinnliga erfarenheten drevs han att vända blicken inåt, och han upptäckte då, i förnimmelsen av sig själv såsom en tänkande varelse, en kunskap vars sanning icke kan dragas i tvivel, emedan tvivlet, som själv är en yttring av tänkande, endast skulle tjäna att ytterligare bekräfta densamma,
Descartes ansåg att den mänskliga kunskapen var ett träd; stammen var fysiken och roten var metafysiken. Vi måste alltså vidta alla försiktighetsåtgärder som kan tänkas för att inte i vår metafysik blanda in osanningar. Vi måste tvivla på allt som inte är otvivelaktigt; hur vet jag att jag inte drömmer? hur vet jag att en ond och illvillig ande inte står bakom min tro på att ex. 2+2=4? - Som en fast punkt att utgå från i kunskapens gungfly hade Descartes upptäckt satsen "Cogito, ergo sum".
Beträffande denna välbekanta sats, vilken Descartes ställer i spetsen för hela sin filosofi: "jag tänker, alltså är jag till" (cogito, ergo sum), bör vissa påpekanden göras. Det bör nämligen understrykas: 1) att han med tänkande (cogitatio) inte menar endast förståndsverksamheten, utan också varje annan form av medveten andlig* verksamhet (cogitationis nomine complector id omne, quod sic in nobis est ut ejus immediate conscii simus), och 2) att han egentligen inte vill ha nämnda sats betraktad som en slutledning eller ett bevis, utan istället yrkar att den uttrycker människans första genom omedelbar åskådning givna och otvivelaktigt sanna kunskap (simplici mentis intuit).
Descartes utvann sålunda ur själva tvivlet en fast punkt, och i och med detta upptäckte han dessutom en substantiell verklighet som är av rent andlig natur.
Även om han varken kunde - eller ens försökte - att ur denna andliga princip utveckla en alltigenom idealistisk världsåsikt, så kunde han nu å andra sidan vara helt säker på att varje rent materialistisk världsåsikt var vetenskapligt omöjlig, eftersom det stod klart att det finns en del av verkligheten som inte är kroppslig eller sammansatt och som inte låter sig förklaras mekanistiskt.
Descartes insatser inom filosofin rör sig dock om långt mer än om cogito-satsen. Hans dualism är välkänd, även om den inte löste problemet med hur anden och materian kommunicerar. (Baruch Spinoza "löste" detta problem på ett radikalt sätt, och detta problem kan också lösas inom den cartesianska rationalismen som härrör från Descartes skeptiska epistemologi).
Descartes anmärker vidare, att sinnekunskapen alltid är tillfällig och följaktligen föränderlig, och han drar därav den slutsatsen, att alla nödvändiga och oföränderliga sanningar måste, oberoende av all sinnlig erfarenhet, tillhöra människan eller - enligt hans uttryckssätt - har sin grund i vissa "medfödda idéer".
Han hänvisade således till en kunskapskälla av en annan och högre art än våra sinnen och anslöt sig därmed till den filosofiska rationalismens grundtanke.
Men liksom hans idealism inte blev mer än en kraftfull ansats, lyckades det honom inte heller att vidareutveckla hans rationalism. Han försökte nämligen aldrig att närmare utreda förhållandet mellan vårt medvetande och dess bestämningar, och visade dessutom upp ett realistiskt och empiriskt föreställningssätt genom att alltför mycket hålla fast vid den vanliga föreställningen om en skapelse - varvid skaparen och det skapade betraktas som mer eller mindre åtskilda från varandra, och i överensstämmelse med detta talade han om de medfödda idéerna som att de var "vid människans skapelse inlagda i hennes själ".
Bland de medfödda idéerna sysslar Descartes framför allt med Guds-idén, och mindre med den synpunkten att Gud är det högsta och viktigaste föremålet för mänsklig kunskap, trots att därför. enligt honom, denna idé är den enda förnimmelse, som genast ger människan en nödvändig och säker kunskap om någon annan verklighet än hennes eget jag, och just därför utgör källan till all sådan kunskap.
Eftersom Guds-idén närmast framträder såsom förbunden med människans känsla av sin egen ändlighet, men däremot alldeles motsatt föreställning om ett oändligt eller absolut fullkomligt väsende, så är det visst, menar han, att denna idé varken kan vara frambragd av henne själv eller av någon annan ändlig varelse, och att det således verkligen måste finnas ett sådant fullkomligt väsende som Gud, och som givit henne idén om sina fullkomligheter.
Sedan Descartes bevisat Guds existens, vill han därifrån leda sig till visshet om att det även finnes en kroppslig verklighet och sålunda åtminstone till en viss grad ha bort sitt tvivel på den sinnliga erfarenhetens objektivitet. Med detta syfte framhåller han såsom en av de fullkomligheter som ligger i begreppet om Gud att han är sannfärdig och följaktligen inte kan lura den av honom skapade människan beträffande vad hon förnimmer klart och tydligt. Men tydligt förnimmer vi, enligt Descartes, om kropparna ingenting annat än rumsbestämdhet eller utsträckning och olika former därav.
Liksom Descartes ansåg att tänkandet hör till själen eller är en del därav förklarade han att utsträckning är någonting som hör till den kroppsliga verkligheten. Utgående från detta arbetade han sig fram till ett rent mekaniskt betraktelsesätt av den fysiska världen i vilken han inbegriper inte bara också växt- och djurlivet (Djuren betraktar han som automatiska maskiner) utan han räknar även dit den lägre (den omedvetna) delen av människan.
Descartes filosofi mynnar ut i en tydlig kosmologisk dualism som hävdar att människan består av två till själva sin art ("toto genere") alldeles motsatta slag av ändliga eller "skapade" substanser, nämligen tänkande substans och utsträckt substans, det vill säga själslig respektive kroppslig substans.
Descartes lärjungar, som sökte övervinna svårigheten att på ett tillfredsställande sätt förklara sammanhanget mellan dessa artskilda substanser, kom att ledas till att utveckla cartesianismen i panteistisk riktning.
Frågor, som tillhör den praktiska filosofin ville Descartes inte gärna sysselsätta sig med, eftersom han menade att människan på detta område inte kan åstadkomma något på egen hand, utan hon behöver ledas av den gudomliga uppenbarelsen.
Denna praktiska dogmatism står för övrigt i nära sammanhang med hans uppfattning av friheten. Viljan kan Descartes inte tänka sig på annat sätt än som en godtycklig makt över de åtskilda motiven ("liberum arbitrium").
Eftersom Descartes hade en sådan uppfattning, är det inte så konstigt att den fria viljan inte bara föreföll honom obegriplig, utan rent av begreppsvidrig - men han hänvisade ändå, för att bevisa den fria viljans existens, till vårt omedelbara praktiska medvetande, och till och med kallade han ibland den fria viljan för en medfödd idé.
Vidare är det enligt samma linje inte förvånansvärt att han gör begreppen om rätt och orätt beroende av Guds absolut fria, det vill säga rent godtyckliga, vilja - och menar att om dessa, den gudomliga viljans godtyckliga beslut ("beneplacita divina"), kan människan erhålla kännedom endast genom en yttre och övernaturlig uppenbarelse.
